GESBIOL® est un logiciel de GES tion des laboratoires de BIOL ogie moléculaire. C'est un applicatif développé à partir du logiciel 4ème Dimension. Son mode de fonctionnement permet d’assurer le suivi de chaque échantillon. Grâce à son architecture, il est possible de paramétrer des pathologies, de saisir des informations relatives au patient et aux prescripteurs, de collecter les résultats des expériences et d’établir des comptes-rendus semi automatisés. L’accès au logiciel est sécurisé à deux niveaux complémentaires : 1) codage des données et 2) nécessité d’ identification et de saisie d’un mot de passe.

Le logiciel GESBIOL doit faire l’objet d’ une déclaration à la CNIL


Caractéristiques techniques

GESBIOL® fonctionne aussi bien dans un environnement de type PC (Windows 98, 2000, NT) que Macintosh (OS 9 et OS X). Deux versions du logiciel sont disponibles : la version monoposte et la version réseau.

La version réseau fonctionne aussi bien en environnement homogène qu’hétérogène (Mac et PC). Elle nécessite l’acquisition du logiciel 4D serveur "version 2003" (société 4D, 60 rue d’Alsace, Clichy) ainsi qu’un nombre de clients adapté à la géographie du site. Rappelons que les clients 4D peuvent être installés sur n’importe quelle machine, le nombre de licences permettant en fait de contrôler le nombre de clients connectés en simultané. Il est à souligner que le logiciel GESBIOL® version réseau est lui vendu pour un nombre illimité d’utilisateurs.

Par ailleurs, afin de bénéficier des fonctionnalités du traitement de texte et des éditions semi automatisées des comptes-rendus, il est nécessaire d’ acquérir le logiciel 4Dwrite (société 4D, 60 rue d’Alsace, Clichy).

  Matériels

Afin d’assurer le meilleur fonctionnement possible du logiciel GESBIOL®, il est nécessaire d’utiliser des machines récentes. Nous vous recommandons :
PC monoposte : processeur de type Pentium IV ou compatible, 512 Mo de RAM, disque dur 60 Go, carte graphique et écran permettant l’affichage d’une résolution de 1024 x 768 en milliers de couleurs.
PC réseau : postes clients ayants les mêmes caractéristiques que ci-dessus plus l’accès à un réseau intranet ; serveur : processeur de type Pentium IV ou compatible, 1 Go de RAM, disque dur 60 Go et accès à un réseau intranet.
Mac monoposte : processeur de type G4ou G5, 512 Mo de RAM, disque dur 60 Go, carte graphique et écran permettant l’affichage d’une résolution de 1024 x 768 en milliers de couleurs.
Mac réseau : postes clients ayants les mêmes caractéristiques que ci-dessus plus l’accès a un réseau intranet ; serveur : processeur de type G5 ou Xserve, 1 Go de RAM, disque dur 60 Go et accès à un réseau intranet.

Dans tous les cas, il est nécessaire de prévoir des systèmes d’archivage soit sur des machines distantes soit sur des supports amovibles. Le logiciel 4D serveur est livré avec un outil performant d’automatisation des sauvegardes, de gestion des historiques et de mirroring : 4D backup. Nous vous recommandons d’utiliser cet outil pour les utilisateurs fonctionnant en réseau.

Les données exploitées par le logiciel GESBIOL®

L’architecture du logiciel repose sur l’utilisation de tables indexées reliées par des liens dynamiques (structure relationnelle). Les principales tables sont détaillées ci-dessous :
Les patients : nom et prénoms, sexe, nom de jeune fille, date de naissance, adresse, téléphone, numéro de sécurité sociale et origine géographique.
Les médecins : nom et prénoms, titre, adresse, téléphone, téléfax, provenance, service.
Les pathologies : nom de la pathologie, titre du masque, type de masque de saisie (choix parmis 13 modèles), abréviation des n° d’ADN, abréviation des n° de familles, liste des expériences associées à cette pathologie, critères cliniques (jusqu’à 50 critères).
Les études de gènes : nom du patient, nom des 3 médecins correspondants, date, numéro d’ADN, numéro de famille, diagnostic, situation, consanguinité, conclusions, critères cliniques (jusqu’à 50), remarques, confirmation du diagnostic, Date des Dernières Règles, recherche d’informativité, cas sporadique ou familial, apparenté, père, mère, génotype du père, génotype de la mère, frameworks du père, phénotype protéique, date de la greffe, donneur de la greffe, prélèvement, date du prélèvement, nom du receveur, risque du père, risque de la mère, résultats, risque, médecin conseil, médecin ayant réalisé le prélèvement, date du conseil, heure du prélèvement, lieu du prélèvement, caryotype réalisé (O/N), lieu du caryotype, caryotype, évolution de la grossesse, diagnostic prénatal, date du conseil génétique, haplotypes.
Les expériences : intitulé, type, pathologie, cotation en B.
Les résultats : n° d’ADN, code de la manipulation, date, expérience, résultat obtenu.

Les principales étapes de l’utilisation du logiciel GESBIOL®

Comme nous l’avons vu, le logiciel GESBIOL® permet la gestion des échantillons d’un laboratoire de biologie moléculaire. Lors d’une utilisation en réseau, il est fréquent que l’organisation suivante soit adoptée :

Le n° d’échantillon est créé dès la réception du prélèvement et sera disponible tout au long de la chaîne de traitement. Ainsi, lors de la création des feuilles de manipulation (équivalent d’un cahier de manipulation spécifique de chaque utilisateur), la saisie de l’échantillon est réalisée par son n° (le nom et prénom du patient sont automatiquement affichés pour contrôle).

Les atouts du logiciel GESBIOL®

Faciliter les saisies : afin de limiter les saisies et les erreurs, le logiciel GESBIOL® propose des listes de termes sous la forme d’énumérations modifiables (liste des services, provenances...). Parallèlement, les saisies de noms (patients, médecins...) font appel à une recherche automatique afin de proposer les différents termes correspondants déjà saisis dans le logiciel. Ainsi, la saisie du nom de médecin "Test@" pourra soit afficher une liste de noms correspondants (Testinou André, Testinou Jacques...), soit un nom unique (Testinou Jacques) soit enfin, un message "Cette fiche n’existe pas, voulez-vous la créer ?". La saisie des différentes informations relatives à un échantillon (provenant de différentes tables de la base de données) est ainsi contextuelle et transparente pour l’utilisateur.

 Faciliter l’organisation du travail : comme nous l’avons vu précédemment, la disponibilité d’une version réseau utilisable en réseau homogène (PC ou Mac) ou hétérogène (PC et Mac) permet d’organiser le partage des tâches en secteurs d’activité. Par ailleurs, afin de faciliter l’organisation des manipulations, GESBIOL® permet au technicien de créer des feuilles de manipulations. Celles-ci peuvent être de 4 types : liste simple, liste avec conditions de PCR, microplaques simples et microplaques avec conditions de PCR. Après avoir édité sa feuille de travail, celle-ci est sauvegardée sur le disque dur sous la forme d’un fichier informatique (chaque utilisateur peut ainsi gérer son propre dossier de feuilles de travail). Après réalisation des manipulations, le technicien charge le fichier correspondant et saisit les résultats qui sont automatiquement distribués dans les fiches correspondantes. Cette saisie de résultats peut être fractionnée afin de répondre à des problèmes de manipulations.

 Faciliter la validation Biologique : à tout moment, le biologiste peut visualiser les données relatives à un échantillon, un patient, une famille... Des outils de paramétrage spécifiques de chaque pathologie permettent de créer des feuilles de travail faisant apparaître les informations librement choisies par l’utilisateur. Il est ainsi possible d’avoir une vision immédiate des résultats du typage du gène X dans la famille Y. Parallèlement des outils de recherche performants (recherches indexées) permettent de retrouver des fiches à partir des différentes informations provenant de tables variées (recherches multicritères et croisées).

 Faciliter le rendu des résultats : nous avons choisi d’intégrer le logiciel 4Dwrite® à GESBIOL® afin de mettre à la disposition des utilisateurs un traitement de texte intégré. Chaque utilisateur peut alors définir son propre masque de rendu de résultats qui pourra intégrer des images (logos), du texte fixe et des textes provenant de la banque de données (coordonnées du patient, du médecin, ...). Plusieurs types de compte rendus sont ainsi disponibles : le compte-rendu simple, le compte-rendu paramétré et le compte-rendu par patient. Ce dernier permet de cumuler les résultats provenant de plusieurs échantillons d’un même patient (particulièrement utile lorsque des analyses protéiques sont réalisées en parallèle d’analyses moléculaires).

 Faciliter l’édition de bilans d’activité : outre les outils de recherche paramétrable qui permettent de sélectionner des fiches et ainsi d’avoir une réponse immédiate à une problématique donnée (par exemple combien d’individus ont la mutation x dans le gène y ?), le logiciel GESBIOL® intègre les fonctions : Activité par patient, activité par provenance et activité par pathologie. Ces fonctions permettent, sur une période définie par l’utilisateur, d’obtenir un bilan d’activité détaillé (nombre de B par type de manipulation, patient, pathologie, provenance).